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有些增強子位于啟動子上游，有些位于下游，所以絕緣子的效應并不取決于絕緣子同啟動子的相對位置。因此，對絕緣子效應的方向性的原因還沒有真正弄清楚。目前已發現有兩個基因座以反式活化方式影響絕緣子的功能。基因S2J(Hw)編碼的核蛋白識別絕緣子，絕緣子同其結合后才有絕緣作用。當該基因突變后，盡管y基因座中插入了絕緣子，但失去了絕緣作用，y在所有組織中都表達。另一個基因座是mod(mdg 4)，該基因發生突變后，其效應正好與Su(Hw)相反，即這些突變型都增強了絕緣作用，使絕緣子的絕緣效應不再有方向性而得到擴展，也就是阻斷了上游和下游兩側的增強子的效應。有一種解釋認為先是Su(Hw)同絕緣子DNA結合后，使絕緣子有絕緣效應。mod(mdg4)同Su(Hw)結合，使絕緣子失去絕緣效應；突變的mod(mdg4)不能同Su(Hw)結合，于是絕緣子又增強了絕緣作用。